Oprávněnost obvinění z hereze

„ Bratr Humbert potom přinesl bronzový kříž, kde byl zobrazen Ukřižovaný, a nařídil mi zříci se Krista na kříži. Proti své vůli jsem tak učinil. “
— Jacques de Molay
„ Když mne přijali a dali mi plášť, donesli kříž, na němž byl zobrazen Ježíš Kristus; pak bratr Amaury (převor Francie, osobní přítel svatého Ludvíka) mi řekl, abych nevěřil v toho, jehož obraz vidím, neboť byl falešným prorokem, a ne Bohem. Třikrát mne přiměl, abych se zřekl Ježíše Krista. “
— Geoffrey de Charnay


Dosud není jednoznačně dořešeno, zda bylo obvinění templářů z hereze oprávněné a nakolik bylo založeno na skutečných poměrech v řádu. Během mučení se někteří templáři doznali k homosexuálním praktikám a uctívání „hlavy“, jakož i existenci tajemství označovaného jako Bafomet či Baphomet. Vůdcové řádu ovšem později tato přiznání popřeli. Popření původní výpovědi bylo automaticky považováno za upadnutí znovu do kacířství a proto byli popraveni. Mnozí historici proto neberou vynucená přiznání templářů v úvahu, jako ostatně nelze brát v úvahu ani jiná doznání, vynucovaná ve všech dobách útrpným právem. Jiní vědci naopak předpokládají, že šlo o nepochopení tajných templářských rituálů, které pocházely z dob křížových výprav a které se odehrávaly za „zavřenými dveřmi“. Tyto rituály měly zahrnovat popření Krista a trojnásobné poplivání kříže, stejně jako líbání zadku mistrů. Podle Barbary Fraelové (která se podílela na nalezení vatikánských dokumentů) měly tyto akty simulovat pokoření a mučení, kterým mohli být křižáci vystaveni v případě zajetí muslimy. Jejich účelem bylo naučit nového člena řádu popřít víru jen myslí, ale ne srdcem. Ve výpovědích templářů se fráze učinil jsem to jen myslí, ale ne srdcem objevuje často. Teorife Fraelové se ovšem neshoduje s realitou, protože zajatí templáři byli obvykle nuceni zapřít svou víru a přijmout islám, na což zajatci z řad templářů a johanitů většinou nepřistupovali (viz templáři a johanité zajatí Saladinem po bitvě u Hattínu), takže bývali zpravidla popravováni, v lepším případě uvězňováni. Jiní se domnívají, že se jednalo pouze o cvičení jakéhosi duchovního zápasu, neboť podle sv. Bernarda z Clairvaux (který prvnímu velmistru Hugovi z Paynsu sepsal pověstný spis Der Laude Novae Militiae - neboli Chvála Nového rytířstva) neměl templář bojovat jen proti pozemským nepřátelům, ale i proti nadpřirozeným bytostem (démonům) a sobě samému.

Podle templáře Roberta z Torteville zavedl tyto zvyky v řádu velmistr, který byl v sultánově zajetí, a který tyto praktiky zavedl na příkaz sultána. Tento popis odpovídá na velmistra Gérarda de Ridefort, který byl skutečně v zajetí sultána Saladina a jako jeden z mála templářů byl vykoupen zpět, ale ani to nezní moc přesvědčivě, neboť smlouva či přísaha s nekřesťanem přestává okamžitě platit, pokud je učiněno pokání. Navíc tyto zvyklosti které se měly v řádu údajně dít nepřipomínají nic z toho co pochází z Blízkého východu.